З блювотою внаслідок морфологічних дефектів можна зіткнутися вже в період новонародженості. Серед причин нерідкі атрезії і звуження на всьому протязі травного тракту, від стравоходу до прямої кишки. Такі, наприклад, атрезії стравоходу, дванадцятипалої кишки, кишечника. З блювотою або регургітацією протікає стійке порушення функції кардії, діафрагмальні і зяючі грижі. Непрохідність кишок, інвагінація, утиск грижі також супроводжуються блювотою.
Так як при деяких захворюваннях, зазначених у статті Первинні форми, блювота не є провідним симптомом і за нею стоять інші важкі захворювання. Необхідно окремо зупинитися на пілоростенозі у новонароджених, так як в цьому випадку важка блювота є основним і провідним ознакою.